В границах Великоустюгского района расположено пять заказников и 15 памятников природы. Такого количества охраняемых территорий не имеет ни один район области.
Самое удивительное место на Сухоне - Опоки. Его называют жемчужиной Сухоны, сухонским чудом. Еще в 1963 году Опоки вошли в состав государственного памятника природы «Линзы -места предполагаемых палеонтологических находок». Берега здесь напоминают гигантский слоёный пирог с буровато-коричневыми и темно-серыми полосами. Их высота 65 метров, а крутизна склона достигает 70 градусов. «Испечён» пирог из глин, мергелей, известняков, возраст которых более 200 миллионов лет!
В районе Опок самое быстрое течение и самые малые глубины на всем протяжении реки. Ещё в начале XX века, чтобы провести суда через Опокские перекаты, по 50-100 человек впрягались в бурлацкие лямки, удерживая судно на фарватере, уберегая его от ударов о камни.
На высокой террасе реки сохранились развалины Опокского гидроузла, который в 40-е годы XX века строили заключенные. Однако во время первого же половодья река снесла большую часть плотины. В память о былом строительстве у вершины крутой излучины поставлен поклонный крест.
На левом берегу Сухоны, за деревней Братское, фонтанирует источник железистых артезианских вод. Скважину пробурили в 1941 году во время геологических изысканий. Зимой вокруг фонтана образуется причудливая ледяная скульптура.
На противоположном берегу Сухоны находится Стрельнинс-кий геологический заказник. Русло Стрельны на этом участке очень извилисто. В крутых обрывистых берегах обнажаются породы пермского возраста: глины, мергели, известняки. Чередование ярких кирпично-красных и белых тонов в сочетании с зелёной растительностью очень живописно.
Еще один геологический памятник природы на сухонских берегах - это водопад Васькин ключ. Свое начало родник берёт на дне очень глубокого Щучьего (Чёртова) озера. Около 5 километров течёт он под землей и выше деревни Нижняя Тозьма выходит наружу в виде водопада, который низвергается с утеса высотой 10 метров.
Еще издали привлекает к себе внимание место, где в Сухону впадает быстрая и каменистая река Верхняя Ёрга. Здесь расположен мыс Бык - геологический памятник природы. Ощущение того, что на берегу, поджав под себя ноги, лежит и пьет воду исполинский бык, было особенно сильным, когда в его «голове» был «глаз». Это в результате оползня на склоне мыса открылась пещера. После очередного оползня вход в пещеру вновь закрылся. Местные жители рассказывают, что таких пещер на Быке было две: одна смотрела в сторону Тотьмы, другая - на Устюг. Это были сторожевые пещеры новгородских ушкуйников, которые в XVI-ХVII веках контролировали движение судов по Сухоне и грабили их. Обе пещеры были соединены подземным ходом.
Выше устья Луженьги на берегу Сухоны расположен геологический памятник природы - Цветные кремни. Это обнажение высотой 60 метров возвышается над рекой в виде почти вертикальной стены. В береговых обрывах нередко встречаются песчаниковые линзы, придающие своеобразие разрезу коренного берега. На бечевнике реки находятся россыпи обломков цветных кремней, принесенных ледником с Кольского полуострова.
Кроме геологических памятников природы, в бассейне Сухоны расположено два ландшафтных заказника: Верхняя Стрель-на, где сохранились коренные разновозрастные хвойные леса, и Шиленгский бор, который возник на месте вырубок начала XX века. В основном это сосняки, в которых много брусники и грибов, особенно белых. Здесь всегда светло и сухо, ему не знакомы сумрак и угрюмость.
На правом берегу Сухоны, неподалеку от Великого Устюга, находится один из интереснейших ботанических памятников природы - Маркинский бор. Бор имеет большое научное значение: на его территории находится одна из самых старых на европейском Севере России посадок сосны, которых сохранилось более двух тысяч. Посадки проводились в 1903 году крестьянами под руководством купца Смолина.
Охраняемые территории Великоустюгского района занимают чуть более двух процентов его площади. Поэтому в 2008 году было принято постановление главы района о резервировании 36,7 тысячи гектаров ценных природных территорий. Среди них - пойменные системы рек Сухоны и Северной Двины площадью свыше 27 тысяч гектаров для создания природного парка.